開元寺始建於唐垂拱二年(686年),傳說泉州鉅富黃守恭夢見桑樹長出蓮花,遂舍桑園建寺,初名“蓮花寺”。
長壽元年(692年)改“興教寺”,神龍元年(705年)又改“龍興寺”。
唐玄宗開元二十六年(738年)詔天下諸州各建一寺,以年號為名,遂改稱開元寺。
乾寧四年(897年)王審邽重建。
南宋紹興二十五年(1155年)被毀,尋重建。
元代賜名“大開元萬壽禪寺”。
至正十七年(1357年)又被毀。
明洪武二十二年(1389年)僧惠遠重建。
永樂六年(1408年)擴建。
萬曆二十二年(1594年)重修,崇禎十年(1637年)總兵鄭芝龍等重建大雄寶殿。
民國初年(1911年),轉道和尚任開元寺主持及慈兒院院長,轉物和尚任開元寺監院,圓瑛法師任開元寺都監,共主修繕,改原時難全其功。
1960年重修拜亭和大雄寶殿。
1973年政府撥款重建東、西廊。
1989年後接受海外僑胞捐資,先後重修大雄寶殿、山門和準提禪院。
1962年福建省人民政府公佈開元寺為省級重點文物保護單位。
1982年被列為全國重點文物保護單位。