使用者32606759126032021-04-07 14:57:21本作的故事發生2047年，是在孤島危機2故事20年之後，紐約已經成為包裹在Nanodome當中的城市，成為熱帶雨林，長滿樹木，茂密的沼澤地和湍急的河流，其中分成為七個不同的和變化莫測的環境，孤島危機2當中的先知，就是孤島危機3的主角。
透過開場動畫我們得知了真正的異形主腦並沒有死去，並且主角透過和異形的逆向連線看到了未來的畫面（地球遭到異形大軍的侵略）。賽可和反抗軍的同伴救出了被封印的先知，並告訴他現在CELL公司透過控制能源已經控制了整個世界，猛虎隊的基友們都遭到了CELL的迫害，主角是最後一個了，阻止CELL的重任就落在主角身上了。
故事依舊發生在紐約市（變化真大……），CELL掌握了異形的能源並將整個紐約市罩在了納米轉到罩之下（想個監獄）紐約市由此變成了一個大蒸籠，氣候的改變使得紐約變成了半熱帶雨林半殘骸，主角就在這裡和CELL展開了一場殊死較量，過程中會有幾隻異形打打醬油。雖然和CELL的鬥爭取得了進展但主角始終知道最大的敵人是異形主腦，但它在哪裡還是一個謎。
在破壞CELL能源壟斷的過程中主角發現了提供能源的正式異形主腦，CELL成了異形侵略地球的幫兇，奈米裝甲的發明人，CELL公司的CEO早已被異形同化，併為異形侵略地球鋪好了路，為了阻止異形首腦 ，主角解開了基因枷鎖，透過和異形同化找到了藏身在地下的異形首腦，經過奮戰主角最中射殺了首腦但卻沒有成功阻止異形大軍降臨地球，故事回到了開場動畫最後的畫面，主角面對侵略而來的異形大軍感到無能為力，眼前耳邊回放著過往的一幕幕。
最終主角選擇最後一搏利用衛星兵器成功的擊毀了異形的戰艦（大章魚）主角從太空向地球墜落，奈米裝甲在同大氣的摩擦中燃燒並開始適應性基因重組。
最後主角落在了一個島上，醒來的主角發現自己的奈米裝甲不見了，但它的面板卻奈米化。透過鏡子我們看到了主角是隊長大哥。主角走出小屋，面朝大海做著自我檢討，然後將猛虎小隊的狗牌都扔向了大海，然後主角換身並華麗的啟動了隱匿模式（由於基因枷鎖開啟奈米裝甲可以變化為任何東西）最後在主角說出：”記住我，我是先知。“的聲音中宣佈整個系列的結束。
三代完美的貫穿了整部作品，並在結局回到了靈山島上，主角也從一個機器重新變回了人。
孤島危機3劇情就全部介紹到這，這部就是三部曲的完結，